Portræt af lille italiensk pige
Marie kom til Skagen igen sammen med Krøyer i 1891. I de følgende år malede hun ikke så ofte, i stedet begyndte hun at interesse sig for indretning og design. Hun stod for det meste af indretningen af familiens hjem både i Skagen og København. Blandt flere af kunstnerne blev hun anerkendt for sit arbejde som designer og indretningsarkitekt, men disse ting nåede aldrig ud til en bredere kreds, og hun deltog aldrig på udstillinger med sit design.
Ægteskabet med P.S. Krøyer var langt fra problemfrit, og i begyndelsen af 1900-tallet var P.S. Krøyer indlagt flere gange pga. psykiske problemer. Under en rejse på egen hånd i Italien i 1902, mødte Marie den svenske komponist Hugo Alfvén, som hun indledte et forhold til. P.S. Krøyer nægtede at lade sig skille, og Alfvén besøgte Marie flere gange i Skagen, mens hun stadig var gift med P.S. Krøyer.